Exemple trmd

TrmD a été précédemment bien caractérisé (3), et est devenu la base pour la caractérisation structurelle supplémentaire. La structure a révélé comment TrmD, sur la liaison d`AdoMet dans le noeud de trèfle, obtient la capacité de lier le tRNA de substrat, et interagit avec G37 et G36 séquentiellement pour transférer la portion de méthyle de AdoMet à la position de N1 de G37. Pour révéler comment l`interaction G36 locale influe sur l`interaction globale du substrat et la réaction enzymatique, nous avons réussi à déterminer les structures cristallines de TrmD • sinefungin dans le complexe avec la variante G36U ou G36C tRNA (tableau S1). Chez les bactéries, la TrmD catalyse la modification de la N1-méthylguanosine (m1G) à la position 37 dans les ARN de transfert (tRNAs) avec la séquence 36GG37, en utilisant la S-ADENOSYL-l-méthionine (AdoMet) comme donneur de méthyle. Par la suite, les échantillons ont été filés à 17 000 × g à 4 ° c pendant 10 min pour éliminer tout matériau insoluble, le surnageant a été transféré dans de nouveaux tubes, et les concentrations de protéines ont été mesurées à l`aide d`un kit de dosage BCA (Pierce). Chaque condition d`enzyme-tRNA était dans la gamme kcat/Km. Pour les essais de compétition de nucléotides, la protéine purifiée spécifiée à une concentration finale de 100 μm a été incubée avec un cAMP de 3 ′, 5 ′-marqué à 2 nm 32P en présence de 400 μM de concentrations des nucléotides du concurrent AdoMet, 3 ′, 5 ′-cAMP, 3 ′, 5 ′-cGMP, c-di-AMP, c-di-GMP, ATP, ADP, AMP, ou 2 ′, 3 ′-cAMP. Comme indiqué dans le graphique, les extraits ont été soit préparés à partir de cultures de phase logarithmique (log) ou de cultures de phase stationnaire (STAT). Par conséquent, l`interaction entre la bibliothèque H. Feome a identifié la TrmDSA de la tRNA méthyltransférase essentielle comme étant une protéine de liaison de cAMP de 3 ′, 5 ′ (Fig. Le plus notable est l`orientation de Phe171 * dans la forme tRNA • sinefungin-Bound (Fig.

Ainsi, le mutant S88L était en effet déficient pour la liaison d`AdoMet, possiblement à cause de la leucine plus volumineux bloquant le donneur de méthyle d`accéder au site actif. Glenn Björk). Les souches de la bibliothèque Feome. Les AEC identifiés chez Prevotella ruminicola et Rhizobium etli sont distincts des familles existantes et ont été proposés pour former des enzymes de classe V et VI, respectivement (3,4). 3 ′, 5 ′-cAMP radiomarqué et TrmDSA purifiée, TrmDEC et protéine TrmDMT variant de 1. Cette détérioration s`est produite instantanément pour le mutant, mais avec un délai de 4 h dans les cellules de poids (Fig. Motifs de logo basés sur l`identité d`acides aminés pour Y. En fait, la TrmD interagit principalement avec les groupes phosphatés aux positions 26, 27 et 28 de la tige anticodon, du côté de la rainure mineure, dans les structures cristallines («étape 0»). Dans cette étude, nous voulions faire plus de lumière sur la question de savoir si ou non 3 ′, 5 ′-cAMP est produite et joue une fonction physiologique dans S. Le noeud de trèfle profond du bec MTases fournit le site de liaison pour le donneur de méthyle, S-ADENOSYL-l-méthionine (AdoMet). La protéine TrmD peut ne pas être de pertinence physiologique.

Ces structures ont révélé que les caractéristiques structurelles propres à la TrmD sont les principaux déterminants de la fixation et de la reconnaissance des tRNA. TrmD et probablement aussi dans d`autres γ-Protéobacteria est important pour discriminer entre 3 ′, 5 ′-cAMP et AdoMet, empêchant la liaison de la première, qui autrement pourrait inhiber la concurrence de l`enzyme.